Pracował jako kucharz i cukiernik w sklepie swojego ojca.
Opracował metodę utrwalania żywności - tzw. apertyzację, gdzie żywność poddawano wielokrotnemu gotowaniu.
Przygotowaną przez siebie żywność Appert zamykał w szczelnych blaszanych pojemnikach, co stało się punktem wyjścia dla nowoczesnej produkcji konserw.
Wynalazek ten, opracowany w okresie wojen napoleońskich, był szczególnie ważny dla armii, ułatwiał bowiem zaprowiantowanie przemieszczających się wojsk. W 1810 roku wynalazca otrzymał w związku z tym specjalną nagrodę pieniężną od Napoleona, dzięki czemu mógł otworzyć pierwszą na świecie fabrykę konserw.
Wprowadził m.in. nowe sposoby utrwalania wina, oraz otrzymywania żelatyny z kości.
Zmarł w biedzie i zapomnieniu, został pochowany w anonimowym grobie dla biedaków. Dopiero w XX wieku przypomniano sobie jego zasługi - m.in. w 1955 roku wydano francuski znaczek z jego podobizną.
